Pozwolenie zintegrowane jest jednym z najbardziej obszernych i skomplikowanych decyzji administracyjnych. Zarówno opracowanie wniosku o wydanie pozwolenia zintegrowanego, jak również sama procedura jego wydawania wymaga ścisłej współpracy prawników i specjalistów z danej gałęzi przemysłu czy też z rolnictwa.